自宅でのセルフケアを続けても下唇の内側の口内炎が治らない、痛みがひどい、あるいは症状が繰り返し現れるといった場合は、医療機関を受診して専門的な診断と治療を受けることが大切です。口内炎の治療は、原因や種類によって適した診療科が異なりますが、一般的には「歯科医院（口腔外科）」や「皮膚科」、「耳鼻咽喉科」などが考えられます。歯科医院、特に口腔外科では、口の中の粘膜疾患を専門的に診察しています。口内炎の原因が歯並びや入れ歯、被せ物といった歯科的な問題によるものか、あるいは口の中の細菌感染によるものかなどを診断し、適切な治療を行ってくれます。物理的な刺激が原因であれば、原因となっているもの（歯の尖り、義歯など）の調整を行います。細菌やカビ（カンジダ）による感染が疑われる場合は、抗菌薬や抗真菌薬のうがい薬や軟膏が処方されます。アフタ性口内炎や炎症性の口内炎に対しては、ステロイド成分を含む軟膏が処方されることが多く、これを患部に塗布することで、炎症を抑え、痛みを和らげ、治癒を促進する効果が期待できます。歯科用のレーザー治療も口内炎の痛みを和らげ、治癒を早めるのに有効な場合があります。皮膚科では、アレルギー反応や皮膚疾患の一症状としての口内炎などを専門に診察します。アレルギーが疑われる場合は、アレルギー検査を行うこともあります。全身の病気が原因となっている可能性が考えられる場合は、内科などの他の診療科への紹介となることもあります。繰り返しになりますが、最も重要なのは原因を特定することです。自己判断せずに専門医に診てもらい、正確な診断に基づいて適切な治療を受けることが、口内炎を早く治し、再発を防ぐための最も確実な方法です。